Foi Lisboa reconquistada pelos cristãos em 1147, sob o comando de D. Afonso Henriques. Indica a tradição que este mandou edificar um novo templo no local da antiga igreja de Santos, em honra dos Mártires de Lisboa. Do templo afonsino nada resta na actualidade e não existe qualquer indicação de que tenham sido encontrados os restos mortais dos Santos nessa época.
Em 1194, D. Sancho I fez a doação do templo à ordem de Santiago e Espada, referindo “aquela nossa casa que se chama Santos, a qual meu pai, o rei D. Afonso (...) mandou edificar em honra dos Santos Mártires Veríssimo, Máxima e Júlia”. Assim ficaram os monges militares de Santiago e Espada com casa em Lisboa, em Santos-o-Velho, desde 1194; os monges viviam em algumas casas contíguas ao templo, ou por eles ou pelo rei edificadas. Uma antiga Inquirição do século XII encontra-se referido que os freires de Santiago possuíam em Santos um mosteiro com duas vinhas. Logo se pode concluir que estes monges cavaleiros viviam em comunidade em Santos, numa residência com foros de mosteiro. Com a tomada aos mouros de Alcácer do Sal, os freires fixaram residência no seu castelo, abandonando o mosteiro de Santos.
Com a saída dos monges, começaram a instalar-se na casa de Santos senhoras viúvas e parentas de muitos deles, tendo algumas professado.
A família real mostra apreço pelas recolhidas em diversas ocasiões: em 1221, D. Afonso II deixa em testamento ao mosteiro, pertença ainda dos freires de Palmela, cem maravedis anuais, pelo seu aniversário; D. Dinis legará duzentas libras; a rainha Santa Isabel, sua esposa, lhe lega cem; a rainha D. Filipa tomou sob sua guarda o mosteiro de Santos e a Comendadeira D. Inês Pires.
Em 1233 elegeram as senhoras então a primeira Prelada, com o título de Comendadeira, D. Helena. Muitas senhoras das classes aristocráticas ali se refugiaram ao longo dos anos, o que explica a proteção e os legados reais.
Atribui-se à 3ª Comendadeira da Ordem a descoberta dos corpos dos Santos Mártires, cuja existência e local de enterramento lhe terão sido anunciados por uma revelação divina (tradição provavelmente criada por autores do séc. XVII).
Foi junto aos muros do mosteiro de Santos que, em 1384, se instalou o acampamento das tropas de D. João I de Castela durante o cerco de Lisboa, numa casa ali armada de levante “sobre quatro traves grossas, cercada de parede de pedra sêca”. Parece que este cerco castelhano danificou alguma coisa do mosteiro, pois sabe-se que o Príncipe herdeiro D. Duarte, depois rei, cedeu temporariamente às senhoras de Santos o paço onde morava (paço de S. Martinho, depois Limoeiro), enquanto se faziam obras em Santos, ao tempo da Comendadeira D. Inês Pires.
Durante este período, o território que actualmente corresponde a Santos-o-Velho pertencia à freguesia de Nossa Senhora dos Mártires, existente pelo menos desde 1191. As Inquirições do reinado de D. Afonso II ou, mais Provavelmente de D. Afonso III, referem as igrejas de Santa Maria dos Mártires e de Santos nos arrabaldes de Lisboa. Esta disposição paroquial manteve-se até 1566, altura em que foi destacada a freguesia de Santos-o-Velho. Apesar de aparentemente Santos não ser igreja paroquial, administravam-se no entanto aí os Sacramentos, devido a encontrar-se a grande distância da matriz.